Para activar el descuento administrativo por pago con tarjeta vamos a configuración, Configuración de Comisiones

activamos la opción de  Activar Opción de Pago en Descuentos Administrativos, damos clic en guardar

ahora vamos a la configuración del servicio que necesitamos que se le aplique este descuento cuando se pague con este método de pago, vamos a servicios, clic en en nombre del servicio 

clic en descuentos administrativos, en nombre digitamos el nombre del descuento, en valor agregamos el valor del descuento, en tipo seleccionamos si es por porcentaje o es un valor fijo en pesos, en descontar seleccionamos a quien se le va a descontar ese valor, y en método de pago seleccionamos el método de pago, damos clic en guardar y Listo